Le traitement préventif consiste en la désinfection, dont le but est d’éliminer les micro-organismes pathogènes susceptibles de nuire à la santé des consommateurs. Les procédés chimiques de désinfection à base de produits oxydants tels que le chlore, l’eau de javel, l’ozone ou le procédé physique à ultra-violets sont répandus. L’avantage des composés chlorés (chlore, gazeux, eau de javel ou bioxyde de chlore) est leur effet rémanent, c’est à dire que leur action désinfectante persiste tout au long du réseau de distribution.

Le rayonnement ultra-violet empêche la prolifération de bactéries, il n’a pas d’effet rémanent et est plus adapté aux réseaux courts. L’ozone est utilisable principalement sur des unités de grande taille. C’est un oxydant puissant mais peu rémanent.

L’eau traverse ensuite un lit de sable afin d’éliminer les particules plus fines. S’il reste des éléments micro-polluants, une filtration sur charbon actif permet de retenir les pesticides et les hydrocarbures. Enfin une désinfection finale est effectuée.

Des traitements de neutralisation et d’élimination du fer ou du manganèse sont parfois nécessaires. La neutralisation consiste à éliminer l'excès de gaz carbonique présent dans l'eau, afin que celle-ci n'attaque pas la canalisation, du fait de son acidité. Des traitements sont mis en oeuvre dès que les ressources présentent des taux excessifs en fer et en manganèse. Ces éléments, bien que nécessaires au corps humain, peuvent devenir, par des phénomènes d'eau trouble ou colorée, source d'inconfort pour l'usager.